HACCP遵循“PDCA”的管理原則。與ISO9000質量管理體系類似。它也采用“過程”方法進行管理；提倡管理者的領導核心作用和全員參與；強調監(jiān)視測量；并要求對質量記錄、文件和數(shù)據(jù)進行控制管理等。

    但是，HACCP對食品企業(yè)的管理目標，特別是衛(wèi)生安全目標的要求更明確，管理內容也更具體。它強調食品企業(yè)嚴格遵守食品和衛(wèi)生法律法規(guī)，建立以HACCP計劃，良好操作規(guī)范(GMP)和衛(wèi)生標準操作規(guī)程(SSOP)為核心的三級食品安全管理體系。因此，HACCP在對食品安全危害和質量的控制上更具體、在管理技術措施上更富有針對性和有效性。

    目前，大多數(shù)的食品企業(yè)采取HACCP與ISO9000兩套系統(tǒng)獨立運行，部分程序共用的運作模式。企業(yè)可以根據(jù)需要同時或分別申請HACCP認證。